Loveless
El hermano mayor de Aoyagi Ritsuka, Aoyagi Seimei, murió asesinado, y desde entonces Ritsuka no es él mismo. Adquiere una segunda personalidad, olvidando completamente su primer ser. Esta personalidad es fría, desconfiada y tiene muchos problemas con su madre. Ritsuka cambia de escuela, y allí conoce a Yuiko, una chica que fue enviada por sus compañeros a preguntar los datos personales de Ritsuka, quien responde que detesta a la gente que sigue órdenes de los demás. A la salida de clases, conoce en la entrada de la escuela a un adulto muy singular, Agatsuma Soubi, quien afirma haber sido amigo de su hermano Seimei.Una curiosidad de esta serie es que los niños tienen orejas y cola (parecidas a las de un gato), y las pierden una vez que maduran o al parecer al tener su primera relación sexual. Es por esto que Ritsuka desconfía de Soubi, un adulto, alguien sin orejas. Tiene una reacción bastante parecida a un gato, pero cuando Soubi le dice que conoció a su hermano, Ritsuka se calma e incluso sonríe; así entablan una conversación y se vuelven relativamente "amigos". Inmediatamente Ritsuka le dice si se pueden sacar unas fotografías juntos: él llama a eso "crear memorias". A lo largo de la serie Ritsuka siempre carga su cámara digital, y se toma fotografías con personas que para él son importantes. Y todo lo relativo a Seimei (por mínimo que sea), para Ritsuka, es importante.
Ritsuka descubre, a través de Soubi, que su hermano fue asesinado por la Organización de las Siete Lunas. Soubi le pide que sea su sacrificio, puesto que ocupaba antes Seimei. Antes de nacer, los personajes tienen un nombre predestinado: sólo existen dos personas que comparten un mismo nombre, uno es un sacrificio y el otro un combatiente (para batallar con otros). Éste modo de batalla se rige de esta forma: el combatiente (Fighter) lucha con conjuros mágicos (sólo batallan recitando, en ningún momento hay contacto físico), y el sacrificio (Sacrifice) recibe el daño que le pueda hacer el contrincante a su combatiente. La batalla termina cuando el sacrificio ya no puede más, cuando uno de los dos equipos se rinde. El combatiente siempre ha de seguir las órdenes de su sacrificio.
Beloved (que significa el que es amado) era el nombre del hermano mayor de Ritsuka, Seimei, al igual que el de Soubi: el primero era el sacrificio, y el segundo, el combatiente, Loveless (que significa el que no posee amor) le corresponde a Ritsuka. Soubi llega a Ritsuka con motivo de ser su combatiente, por orden de Seimei, lo cual está prohibido ya que no comparten los mismos nombres; así se enfrentan a varios contrincantes que impiden esta unión, ya que quieren a Ritsuka, pero a medida que Soubi y Ritsuka los vencen, se forman lazos mucho más fuertes.
El objetivo de Ritsuka es uno: encontrar a los asesinos de su hermano, y matarlos por haberle destinado a una vida de soledad, sin su querido hermano (ellos eran muy unidos). A medida que avanzan los tomos, la trama se va desenvolviendo, pero surgen más y más interrogantes; al parecer, Seimei no está realmente muerto.
Dentro de la trama de Junjou Romantica se nos presentan tres parejas: la Romantica, la Egoista y la Terrorista. La primera pareja, la Romantica, es la más importante y trata de la relación entre el famoso novelista (también escritor de BL o Boys Love) Usami Akihiko y el hermano menor de su gran amigo de preparatoria y ex amor no correspondido, Takahashi Misaki. A petición del hermano de Misaki, Akihiko se hace el tutor de este para ayudarlo a entrar a la Universidad. Después de una primera mala impresión y un cruze de palabras ambos empiezan a mejorar su relación que cambia de profesor y alumno a amantes.
La segunda pareja, la Egoista, es formada por el amigo de infancia de Akihiko, Kamijou Hiroki. Este personaje estaba enamorado del escritor desde que eran pequeños a pesar de ser un amor no correspondido. Luego de casi romper la amistad que tenía con el escritor conoce a Kusama Nowaki, un huérfano y trabajador incansable que, con mucho esfuerzo, logra meterse en la vida de Hiroki.
La tercera y última pareja que aparece en el anime es la Terrorista. Esta pareja es formada por el jefe de Hiroki, Miyagi You. Tiempo después de haberse divoricado es acosado por el joven de 17 años, Takatsuki Shinobu, el hijo de su jefe y hermano de su ex esposa. Este muchacho le insiste que tiene que responsabilizarse por haberlo enamorado, pero él se niega a aceptar sus sentimientos ya que le dobla la edad y además de ser el hijo de su jefe es hombre.
Existen otros dos tomos de la serie de Junjou Romantica, uno se llama Junjou Minimun que, a pesar de ser un tomo aparte también tiene capítulos que se desarrollan en algunos tomos de Junjou Romantica. Junjou Minimun trata de la amistad que existe entre Usami Akihiko y Kamijou Hiroki, principalmente de cómo Hiroki se enamora de Akihiko. Estas escenas también tienen lugar en unos pocos épisodios del anime.
El otro tomo que es de la serie de Junjou Romantica se llama Junjou Mysthique, que trata de la relación entre el jefe de Akihiko, Isaka Ryuuichirou, y su secretario Asahina Kaoru.
